La commune de Brebotte est située dans l'Académie de Besançon. Elle dépend de la zone A.
- Enseignement primaire :
La commune de Brebotte avec 4 autres communes avoisinantes fait partie d'un regroupement pédagogique intercommunal : « Le RPI de la vallée de l'écrevisse »
Environ 115 enfants sont scolarisés en école primaire de la maternelle à CM2 dans 5 salles de classe desservies par transport scolaire gratuit.
- Les collèges prés de Brebotte :
Collège Camille Claudel (Montreux-Château) à 4.1 km
Collège Lucie Aubrac (Morvillars) à 4.5 km
Collège la Providence (Chèvremont) à 6.6 km
Collège Jules Ferry (Delle) à 7.6 km
Collège Mozart (Danjoutin) à 9.1 km
Les lycées prés de Brebotte :
Lycée professionnel Jules Ferry (Delle) à 7.6 km
Lycée privé Notre-Dame des Anges (Belfort) à 10.6 km
Ecole des métiers artistiques (Belfort) à 10.7 km
Lycée privé Sainte-Marie (Belfort) à 11 km
Lycée Condorcet (Belfort) à 11 km
Lycée Follereau (Belfort) à 11 km
Lycée Courbet (Belfort) à 11 km
Lycée professionnel Denis Diderot (Bavilliers) à 11.5 km